Phycocyanin er en karakteristisk lyseblå farge, absorberer oransje og rødt lys, spesielt nær 620 nm (avhengig av hvilken spesifikk type det er), og avgir fluorescens ved omtrent 650 nm (også avhengig av hvilken type det er). Allophycocyanin absorberer og avgir lengre bølgelengder enn phycocyanin C eller phycocyanin R.